| 年月 |
事項 |
| 2000年4月 |
全国共同利用施設として原虫病研究センター設立。先端予防治療学分野と高度診断学分野設置 |
| 2002年3月 |
研究棟増設（1,730平米） |
| 2002年10月 |
「21世紀COEプログラム」に選定 |
| 2003年4月 |
特定疾病分野，食品有害微生物分野，大動物巡回臨床分野の新設 |
| 2005年4月 |
原虫進化生物学分野，遺伝生化学分野，国際獣医疫学分野新設 |
| 2006年3月 |
研究棟増設（1,520平米） |
| 2007年6月 |
WOAH（国際獣疫事務局）リファレンスラボラトリー（ウシバベシア病およびウマピロプラズマ病: 五十嵐 郁男，スーラ病: 井上 昇）に認定 |
| 2008年5月 |
WOAHコラボレーティングセンターに認定（原虫病分野では世界初） |
| 2009年6月 |
共同利用・共同研究拠点「原虫病制圧に向けた国際的共同研究拠点」に選定 |
| 2012年11月 |
寄付講座「生命平衡科学講座（白寿）」を開設 |
| 2013年3月 |
テニュアトラック普及・定着事業による地球規模感染症学分野の新設 |
| 2016年4月 |
共同利用・共同研究拠点「原虫病制圧に向けた国際的共同研究拠点」に再認定 |
| 2017年3月 |
ISO/IEC17025: 2005認定取得（牛バベシア病，馬ピロプラズマ病及びスーラ病） |
| 2018年1月 |
WOAH/ISO業務担当分野として，国際獣疫分野新設 |
| 2022年4月 |
共同利用・共同研究拠点「原虫病制圧に向けた国際的共同研究拠点」に再認定 |
| 2022年4月 |
創薬研究部門先端治療学分野新設 |
