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髙瀬 隆一

日本語情報

基本情報

氏名

髙瀬 隆一

氏名よみがな(教員一覧並び順決定時のみ利用)

たかせりゅういち

職階

助教

学位

博士(農学)

資格

学歴・職歴

2009年 京都大学農学部食品生物科学科 卒業
2015年 京都大学大学院農学研究科食品生物科学専攻 博士後期課程修了
2015-2018年 米国Thomas Jefferson University ポストドクトラルフェロー
2019-2022年 京都大学大学院農学研究科食品生物科学専攻 助教
2022-2026年 家業(研究用機器・ソフトウェア開発)に従事
2026年- 現職

自己紹介

兵庫県出身です。これまで主に微生物学や酵素化学の視点から、生命現象の解明と応用に関する研究を行ってきました。私がこの道に進んだ原点は、酵素のもつ無限の能力に魅了されたことにあります。今後もその未知なる可能性を追求していきたいと考えています。
オフの日は登山漫画に影響され、北海道の雄大な山々での本格的な登山に挑戦するのが目標です。

写真1

写真2

備考

連絡先

電話番号

0155-49-5552

FAX番号

メールアドレス

takase.r@obihiro.ac.jp

居室

居室のある建物

総合研究棟III号館

部屋番号

407号室

部屋番号をウェブサイトに掲載希望

はい

学部(ユニット)

所属ユニット

食品科学ユニット

大学院(専攻・コース)

所属専攻・コース

畜産科学専攻食品科学コース

所属・担当

所属

研究域生命・食料科学研究部門/食品科学分野/食品機能学系

リンク

研究室(名称)

研究室(ウェブサイトURL)

Researchmap

https://researchmap.jp/takase_r

研究業績・特許(J-GLOBAL)

研究紹介

My Dream

酵素と微生物の力で次世代発酵・生命起源・食農に挑む

研究テーマ

酵素と微生物を基軸に、AI設計酵素で次世代発酵生産を推進し、酵素逆進化で生命の起源に迫ります。さらに、難培養微生物の新規酵素に着目して家畜腸内微生物叢の未知の姿を解明し、食糧問題への貢献を目指します。

研究分野

食品科学, 応用微生物学, 酵素化学, タンパク質工学, 合成生物学, 農芸化学, 生物工学

キーワード

微生物, 酵素, 腸内微生物叢(マイクロバイオーム), 難培養微生物, 未利用バイオマス, AI酵素設計, 酵素進化/逆進化, 補酵素(酸化還元バランス), 代謝ネットワーク, バイオものづくり, 次世代発酵生産, スクリーニング, 食糧問題

研究紹介

生命活動を根底で支える極小の生体触媒、「酵素」の可能性を極限まで引き出し、生命の神秘の解明から農畜産業への応用まで幅広い研究を行います。アプローチは大きく分けて以下の3つです。

1. AIとタンパク質工学を用いた「酵素の創出」
 AIがデザインした人工酵素により、微生物を用いた物質生産の可能性は飛躍的に広がります。現在は複雑な有機合成で作られている高付加価値な物質も、AI酵素を導入した微生物培養で生産できる未来が訪れます。そのような未来のバイオものづくりにおいて、微生物細胞内の「酸化還元(レドックス)バランス」の制御が生産量向上の大きな鍵となります。酵素の酸化還元に関わる補酵素の要求性をAIを活用して合理的に設計することでこの課題を突破し、次世代の高効率な発酵生産システムを構築します。

2. 酵素の逆進化による「生命の神秘の解明と温故知新」
 エネルギー代謝の鍵を握る重要な根幹酵素を、計算科学を用いて人為的に祖先型の状態へと「逆進化」させます。数十億年前の環境下で、原始生命がいかにして現在の効率的なエネルギー利用の仕組みを獲得してきたのか、その進化の起源に迫ります。過去の進化の軌跡(温故)から生命の神秘を解き明かし、その知見を次世代の人工酵素設計(知新)へと繋げることも目指します。

3. 未知の酵素探索からアプローチする「家畜腸内環境の理解」
 家畜の腸内微生物叢は、強固な未利用バイオマスを分解・利用する優れた専門家集団であり、個々に、あるいは協力し合って驚異的な代謝ネットワークを築いています。近年、そのネットワークにおいて「難培養微生物」が質・量ともに非常に重要な役割を果たすことが分かってきました。この難培養微生物を未開拓の遺伝子資源と捉え、メタゲノム解析、AIによる機能予測といったドライ的な手法に加え、生化学的なスクリーニング法やアッセイといったウェット的な手法までを総動員して未利用バイオマスの代謝に関わる新規酵素を発掘する「宝探し」を行います。得られた酵素の機能を起点に、家畜腸内微生物叢が織りなす複雑な協力メカニズムの未知の姿を紐解き、食糧問題への貢献を目指します。

これら酵素の「創出・逆進化・探索」を有機的に連動させ、基礎から応用まで一貫したバイオサイエンスを展開します。

研究紹介画像

酵素の補酵素(NADH/NADPH)要求性を決定づける2本のループと、補酵素結合部位のX線結晶構造。タンパク質立体構造解析の経験を活かし、AIを活用した酵素設計を行い、微生物発酵における細胞内レドックスバランス制御に挑みます。

【改良後】現在取り組んでいる研究テーマ一覧

  • 補酵素要求性の合理的設計に基づく次世代微生物発酵
  • 酵素逆進化による生命起源とエネルギー獲得機構の解明
  • 畜産動物の腸内難培養微生物が持つ未利用バイオマス関連酵素の探索と応用

【改良前】現在取り組んでいる研究テーマ一覧

関連産業分野

バイオものづくり(ホワイトバイオテクノロジー), 食品・フードテック, アグリフード・食糧安全保障, 環境バイオ・未利用資源活用, 次世代発酵・スマートセル産業

所属学会

日本農芸化学会

Editor

Editorial Board

プロジェクト

学部生向け

卒業研究として指導可能なテーマ

  • 次世代微生物発酵の研究 〜AIを活用した酵素の合理的設計〜
  • 生命起源とエネルギー獲得機構の解明 〜酵素の「逆進化」から見る温故知新〜
  • 畜産動物の腸内環境の理解 〜未利用バイオマスを分解する新規酵素の「宝探し」〜

メッセージ

目に見えない小さな生命体である微生物、そしてその生命活動を支えるさらに小さな酵素。それらの未知なる領域を徹底的に追求することで、大きな応用の可能性が立ち現れてくると信じて研究を行っています。
最先端の「ドライ」と伝統的な「ウェット」を駆使する、次世代のバイオサイエンスを学んでみませんか。
未知を解き明かす面白さに目覚めたなら、ぜひ大学院まで進み、その壮大なテーマに一緒に挑みましょう。

スペシャルコンテンツ「ぎゅ牛〜っとちくだい」

: https://www.obihiro.ac.jp/gyugyutto/76933

スペシャルコンテンツ「畜大人インタビュー」

英語情報

基本情報

氏名

TAKASE Ryuichi

職階

Assistant Professor

学位

Ph.D. in Agricultural Science

資格

学歴・職歴

2009: B.S., Faculty of Agriculture, Kyoto University
2015: Ph.D., Graduate School of Agriculture, Kyoto University
2015-2018: Postdoctoral Fellow, Thomas Jefferson University, USA
2019-2022: Assistant Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University
2022-2026: Engaged in family business (research equipment and software development)
2026-Present: Assistant Professor, Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine

自己紹介

I am originally from Hyogo Prefecture. My research has primarily focused on elucidating biological phenomena and their applications from the perspectives of microbiology and enzyme chemistry. My journey into research began because I was completely captivated by the infinite capabilities of enzymes, and I am committed to continuing the pursuit of their unexplored potential. On my days off, inspired by mountaineering manga, I aim to take on the challenge of full-scale climbing in the magnificent mountains of Hokkaido.

備考

居室

居室のある建物

General Research Building III

部屋番号

3-407

部屋番号をウェブサイトに掲載希望

Yes

学部(ユニット)

所属ユニット

Food Science Program

大学院(専攻・コース)

所属専攻・コース

Doctoral and Master's Program of Animal Science and Agriculture/Food Science

所属・担当

所属

Research Department/Department of Life and Food Sciences/Division of Food Science/Section of Biomolecular Structure and Function

リンク

研究室(名称)

研究室(ウェブサイトURL)

Researchmap

https://researchmap.jp/takase_r?lang=en

研究業績・特許(J-GLOBAL)

研究紹介

My Dream

Tackling next-generation fermentation, life's origins, and agri-food through the power of enzymes and microbes.

研究テーマ

Centered on enzymes and microorganisms, we drive next-generation fermentation using AI-designed enzymes and explore the origins of life through enzyme reverse-evolution. Furthermore, by focusing on novel enzymes from uncultured microorganisms, we elucidate the unknown nature of the livestock gut microbiome, aiming to contribute to global food security.

研究分野

Food Science, Applied Microbiology, Enzyme Chemistry, Protein Engineering, Synthetic Biology, Agricultural Chemistry, Bioengineering

キーワード

Microorganisms, Enzymes, Gut Microbiome, Uncultured Microorganisms, Unused Biomass, AI Enzyme Design, Enzyme Evolution / Reverse Evolution, Coenzymes (Redox Balance), Metabolic Networks, Biomanufacturing, Next-generation Fermentation Production, Screening, Food Security

研究紹介

We maximize the potential of "enzymes"—the microscopic biocatalysts that fundamentally support life—to conduct a wide range of research, from unraveling the mysteries of life to applications in the agriculture and livestock industries. Our approach is broadly divided into the following three pillars:

1. "Enzyme Creation" via AI and Protein Engineering
Artificial enzymes designed by AI will dramatically expand the possibilities of microbial biomanufacturing. In the future, high-value substances currently produced through complex organic synthesis could be manufactured via microbial cultivation using AI-enzymes. In such next-generation biomanufacturing, controlling the intracellular "redox balance" of microbes is a major key to improving yields. By rationally designing the coenzyme requirements involved in enzyme redox using AI, we will break through this challenge and construct highly efficient, next-generation fermentation production systems.

2. "Unraveling the Mysteries of Life and Learning from the Past" via Enzyme Reverse Evolution
Using computational science, we artificially "reverse-evolve" crucial core enzymes governing energy metabolism back to their ancestral states. We explore the evolutionary origins of how primitive life acquired its current efficient energy utilization mechanisms in the environment billions of years ago. By unlocking the mysteries of life from the trajectory of past evolution, we aim to connect these insights to the design of next-generation artificial enzymes.

3. "Understanding the Livestock Gut Environment" via Novel Enzyme Discovery
The livestock gut microbiome is an outstanding group of specialists that degrade and utilize robust, unused biomass, building astonishing metabolic networks individually or cooperatively. Recently, it has become clear that "uncultured microorganisms" play an extremely important role in these networks both qualitatively and quantitatively. Viewing these uncultured microbes as unexplored genetic resources, we conduct a "treasure hunt" for novel enzymes involved in unused biomass metabolism. We fully mobilize dry methods like metagenomic analysis and AI-based functional prediction, alongside wet methods like biochemical screening and assays. Starting from the functions of the discovered enzymes, we will unravel the unknown nature of the complex cooperative mechanisms woven by the livestock gut microbiome, aiming to contribute to global food security.

By organically linking these three approaches—creation, reverse evolution, and discovery of enzymes—we will deploy a cohesive bioscience bridging basic research and practical applications.

研究紹介画像

X-ray crystal structure of the coenzyme-binding site and the two loops that determine coenzyme (NADH/NADPH) specificity. Leveraging experience in protein 3D structural analysis, we will utilize AI for enzyme design to tackle the control of intracellular redox balance in microbial fermentation.

現在取り組んでいる研究テーマ一覧

  • Next-generation microbial fermentation based on the rational design of coenzyme specificity
  • Elucidation of the origin of life and energy acquisition mechanisms through enzyme reverse-evolution
  • Discovery and application of unused biomass-related enzymes from uncultured microorganisms in the livestock gut

関連産業分野

Biomanufacturing (White Biotechnology), Food / Food Tech, Agri-Food / Food Security, Environmental Biotechnology / Unused Resource Utilization, Next-generation Fermentation / Smart Cell Industry

所属学会

Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

Editor

Editorial Board

プロジェクト