沿 革
I . 原虫病細胞免疫研究室（1983-1990）
| 1984年 4月 | 特別施設として「原虫病細胞免疫研究室」が家畜生理学講座（鈴木直義教授）内に新設(本センターの前身)。 |
II . 原虫病分子免疫研究センター（1990-2000）
| 1990年 6月 | 文部省令による学内共同教育研究施設（2000年3月31日までの時限施設）として原虫病分子免疫研究センター設置，分子免疫学分野新設。 |
| 1992年 4月 | 細胞病態生理学分野（客員研究分野）新設。 |
| 1993年 6月 | 研究棟新設（462平米），特殊実験動物室（Ｐ１～Ｐ３安全基準完備室）、原虫病原株大量保存室設置。 |
| 1995年 4月 | 耐病性遺伝子工学分野新設。 |
| 1997年 4月 | 節足動物衛生工学分野新設。 |
| 1997年11月 | 研究棟増設(97平米)。 |
III . 原虫病研究センター（2000-現在）
| 2000年 4月 | 全国共同利用施設として原虫病研究センター設立。先端予防治療学分野、高度診断学分野設置。 |
| 2002年 3月 | 研究棟増設（1,73平米） |
| 2002年10月 | 「21世紀COEプログラム」に選定 |
| 2003年 4月 | 特定疾病分野、食品有害微生物分野、大動物巡回臨床分野新設 |
| 2005年 4月 | 進化生物学分野、遺伝生化学分野、国際獣医疫学分野新設 |
| 2006年 3月 | 研究棟増設（1520平米） |
| 2008年 5月 | OIE（国際獣疫事務局）コラボレーティングセンターに認定 |
| 2009年 6月 | 共同利用・共同研究拠点に認定 |