Rを起動すると，以下のようなメッセージが表示されます。
R version 2.7.1 (2008-06-23) Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Rはフリーソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 配布条件の詳細に関しては、'license()'あるいは'licence()'と入力してください。 Rは多くの貢献者による共同プロジェクトです。 詳しくは'contributors()'と入力してください。 また、RやRのパッケージを出版物で引用する際の形式については 'citation()'と入力してください。 'demo()'と入力すればデモをみることができます。 'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。 'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。 'q()'と入力すればRを終了します。 >
最下行に > の表示があります。 この状態でキーボードから命令文を打ち込むと，それが解釈されて，適切な処理が行われます。
基本的に，Rは，プログラミング言語（R言語）を使って処理を記述します。 一方で，関数電卓のように，四則演算を含む計算式を入力して，その結果を得ることもできます。 たとえば，キーボードを使って以下のように入力し，Enterキーを押してください（最初の > は，画面に表示されているものですから，入力しないでください）。
> 1+2*3
その計算結果は，以下のように表示されるはずです。
[1] 7
答えは7である。 四則演算の優先順位が守られていることに注意してください。 最初の [1] は，1個だけ解を得たことを意味します。
別の計算例を以下に挙げます。 以下の入力例のうち，# 以降は，説明のための注釈ですから，実際に入力しなくてもよいです（入力しても，結果に影響はありません）。
> (1+2)*3 # カッコ内を優先的に計算する [1] 9 > ((1+2)*3+4)*5 # 複数のカッコを使う場合 [1] 65 > 2/3 # 割り算：小数点付きの数値も扱える [1] 0.6666667 > 10^3 # ベキ乗：10の3乗 [1] 1000 > 10^(1/2) # 平方根：10の平方根 [1] 3.162278 > sqrt(10) # 関数sqrt()でも平方根を計算できる [1] 3.162278
Rで利用できる主な演算子と関数の一部を以下に挙げます。
| 演算子 | 意味 | 演算子 | 意味 |
|---|---|---|---|
| + | 加算 | sqrt() | 平方根 |
| - | 減算 | log() | 自然対数 |
| * | 乗算 | exp() | ex |
| / | 除算 | sin() | 正弦 |
| ^ | ベキ乗 | cos() | 余弦 |
| () | 優先順位の変更 | tan() | 正接 |
変数とは，数値に名前をつけて記憶したり，計算結果を保持する目的で利用できます。 まず，以下の例を見てください。
> a<-10 > b<-20 > a+b [1] 30
この例では，変数aに10を，変数bに20を代入し，最後にそれらを加算しています。 変数への代入は，矢印（←）をあらわす記号 <- を使用します。 右の値を，左の変数に代入することを意味します。 代入を繰り返すと，古い値は消滅し，新しい値で上書きされてゆきます。
変数が保持している値を表示するには，単に変数名を入力します。 変数の大文字と小文字は区別されますので，注意してください。 また，代入と同時に内容を表示するには，全体を () でくくってください。
> a<-10 > A<-30 > a # 変数 a の内容を表示 [1] 10 > a+A # a と A は，別物である [1] 40 > (b<-50) # 代入時にカッコでくくると，内容を表示する [1] 50
変数は，通常の数値と同じように利用することができます。 また，変数から変数に代入することもできます。
> a<-10 > sqrt(a) # 通常の数値と同じように扱うことができる [1] 3.162278 > (b<-a) # 別の変数 b に値を代入 [1] 10 > (c<-a+50) # aに50を足した値を c に代入 [1] 60
ここで変数として紹介したものは，Rでは「オブジェクト」と呼ばれます。 ふつうにRを利用する場合には，「オブジェクト」を変数と読み替えたほうが分かりやすいです。 たとえば，存在しない変数の値を表示しようとすると，以下のようなエラーが発生します。
> X エラー： オブジェクト "X" は存在しません
実験データなど，複数の数値をまとめて扱いたいことがあります。 Rでは，1個の変数に，複数の数値を保存することができます（これは，数学的にはベクトルと呼ばれるものです）。 ベクトルは，以下のように入力することができます。
> x<-c(1,3,5,7,9) # 変数xに5個の数値を保存する > x [1] 1 3 5 7 9
ここで c() は，複数の数値を結びつけて（combine），ベクトルを作る命令語です。この関数は，あらゆるものを連結してベクトル化します。
> x<-c(1,3,5,7,9) # 変数xに5個の数値を保存する > y<-c(2,4,6,8,10) # 変数yに5個の数値を保存する > (z<-c(x,y)) # xの後ろにyを連結し，画面に表示する [1] 1 2 3 4 5 2 4 6 8 10
いちどベクトルとしてデータを読み込んでしまえば，それを利用して基礎統計量（平均や標準偏差など）を計算することができます。 以下の例を参照してください。
> x<-c(7.1, 5.2, 8.3, 2.1, 6.5, 4.0, 1.8) # データを代入 > summary(x) # データの基礎統計量を表示する Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 1.80 3.05 5.20 5.00 6.80 8.30
左から，最小値，第一四分位数，中央値，平均値，第三四分位数，最大値です。 また，このほかの統計量を計算する関数も用意されています。
> x<-c(7.1, 5.2, 8.3, 2.1, 6.5, 4.0, 1.8) > sum(x) # 合計値 [1] 35 > mean(x) # 平均値 [1] 5 > sd(x) # 標準偏差（SD） [1] 2.491318
ここで示したように，Rで統計分析を行う際には，