畜産衛生学研究部門は、人間と自然が共生する社会において「食の安全確保」に基本をおいた家畜を中心とした健全な農畜産物生産から食品衛生及び環境保全に至る一連の研究を実践し、国際的な社会貢献を目指している。

動物医科学分野

健康で丈夫な家畜を飼養・繁殖管理して生産疾病の発生を抑え、その潜在能力を生理的な範囲内で最大限に引き出すための健康科学と生殖科学の理論と技術開発に関する研究を行う。さらに、動物の原虫病における寄生体と宿主の関わりについて、個体から分子に至る様々なレベルで解明し、原虫病の防御を目的とした治療、診断、予防法の開発など、動物医科学に関する総合的な研究を行う。

食品衛生学分野

安全な畜産食品の確保を図るため、“農場から食卓まで”の過程における危害因子と食の安全確保のための対策について研究を行う。具体的には、細菌とウイルスを中心とした病原微生物の治療・予防法、農場・食品加工上の衛生管理システムの経営的評価とマネージメント、国際貿易における動植物検疫制度の経済評価と制度設計、食品の機能性の追求、畜産食品のリスク評価手法、食品に関連する健康被害因子の分析などの食品衛生に関する総合的な研究を行う。

環境衛生学分野

水系汚染、地球温暖化ガスの放散などエネルギー多投入型家畜生産システムを改善し、安全な食品を確保するために、効率的な循環型農畜産生産システムの構築やダニなどの衛生動物による感染症防除の確立など、国際的な感染症疫学調査からバイオマスの利活用までの環境衛生に関する総合的な研究を行う。